Als geeignete Räumlichkeiten für eine ständige Ausstellung von Hundertwassers malerischem Werk konnten im dritten Wiener Gemeindebezirk die Gebäude der ehemaligen Möbelfabrik der Gebrüder Thonet aus dem Jahr 1892 gefunden werden. Die Größe der Gebäude bot die Möglichkeit, nicht nur ein Hundertwasser-Museum einzurichten, sondern darüber hinaus eine Nutzung für internationale Wechselausstellungen miteinzuplanen. Der Umbau, bei dem zwei Häuser zusammengelegt wurden, wurde in den Jahren 1989 bis 1991 unter der Bauherrschaft der Bank für Arbeit und Wirtschaft und ihrem Generaldirektor Walter Flöttl durchgeführt. Hundertwasser griff in die alte Bausubstanz sehr behutsam ein. Zur Straße hin wurde ein Vorbau angefügt, dessen Glasfront die Ausstellungsräume zusätzlich mit Licht versorgt, hofseitig ein Treppenhaus. Die gesamte Ausstellungsfläche beträgt rund 4000 qm. Im Erdgeschoß sind neben Kasse und Garderobe auch ein Museumshop und ein Café-Restaurant untergebracht. In den beiden ersten Stockwerken wird ein Querschnitt durch Hundertwassers Oeuvre geboten, das Malerei, Grafik, Tapisserien und Architekturmodelle umfaßt. Der dritte und vierte Stock sind internationalen Wechselausstellungen vorbehalten.